大曲中的微生物主要通過自然接種、富集而構成復雜的微生物菌系。微生物來源主要依靠原料本身、空氣、場地及覆蓋稻草，也有的在拌料時接種了少量優質曲母，強化了有益菌株。由于豐富的微生物在大曲中進行生長繁殖，分泌產生各種酶類物質，且分解大曲原料形成較多的代謝產物。因此，培養條件對大曲微生物的生長繁殖及分布情況有直接影響。可以說，大曲質量可進一步影響大曲酒的質量和風格。
一、大曲中的微生物及其作用
扳倒井培養的大曲主要為中高溫曲，制曲品溫最高達到60℃—65℃。通過我們對大曲微生物的分離檢測表明，扳倒井大曲是以細菌、霉菌和部分酵母為主的微生物菌系。
1.酵母
扳倒井大曲中的酵母主要為酵母屬酵母，其次還有假絲酵母屬、漢遜酵母屬和球擬酵母屬酵母。
1.1 酵母屬酵母
生長作用溫度為28℃—32℃，pH值在4.5—6.2之間。一般入房兩天便可大量生長繁殖了，其后隨著品溫的上升而死亡或休眠。
1.2 生香酵母
假絲酵母、漢遜酵母等生香酵母，在培菌前期繁殖也較快。特別是假絲酵母，它與擬內孢霉共同存在于大曲表面層，通常呈現為黃色的小斑點。其繁殖代謝產生的芳香物質，使培菌前期的曲坯帶有明顯的酯香味。由于其所需溫度較低，故主要在“低溫培菌期”存活繁殖。當大曲進入高溫轉化期時，就隨著其它酵母菌轉入休眠或死亡。
生香酵母的生長繁殖、代謝與以下四個因素有關：
（1）溫度。起始溫度28℃—32℃時，生香酵母生長良好。
（2）酸度。適宜的酸度有利于生香酵母產酯。
（3）高濕度。生香酵母在生長繁殖過程中產生大量酯類物質。這一系列生理過程要求培養基中含有一定量的水分。在大曲培養條件下，較高的濕度有利于生香酵母產酯。
（4）微氧。產酯酵母是好氧性微生物，在有氧條件下，產酯能力強；但供氧過量，酵母呼吸作用加強，則消耗大量酒精及糖分，不利于產酯。
1.3 酵母菌的重要作用
酵母菌在發酵釀酒過程中，具有兩個十分突出的作用，即酒化和酯化作用。大曲中的酵母屬酵母、漢遜酵母能產生活力較強的酒化酶，能將葡萄糖通過EMP途徑代謝轉化成酒的主成分——乙醇，這是曲酒最重要也是最基礎的物質。
產酯酵母主要是假絲酵母和漢遜酵母，具有較強的酯合成能力，能代謝產生大量的酯類物質，如己酸乙酯等，可賦予大曲酒濃郁的芬芳。
酵母菌代謝還能產生許多物質，如甘油和其它多元醇等，對酒體的完美與豐滿有著重要的作用。
2.霉菌
霉菌是大曲中數量種類最多的菌類。其中，以曲霉最多（曲霉中以黃曲霉最多），其次是根霉、毛霉、犁頭霉、紅曲霉等。
2.1 曲霉屬
曲霉作用于大曲后，可形成糖化力、液化力、蛋白質分解力及多種有機酸。曲霉的最適生長溫度為35℃—40℃。
2.2 根霉屬
根霉常和毛霉、酵母菌共存。大曲菌絲的生長情況主要看根霉的著生狀態，比如大曲斷面是否整齊，就是根霉菌絲的健壯與否。
根霉中常見是米根霉。米根霉產乳酸，最適生長溫度37℃—41℃，最適發酵溫度30℃—35℃，制曲培菌品溫不超過38℃，可達到控制米根霉大量生長繁殖的目的。
2.3 毛霉屬
與根霉極相似，所需的生長發酵溫度也差不多。毛霉主要著生于大曲培養的“低溫培菌”期，特別是溫高水大，兩曲相靠時更易生長。
2.4 青霉屬
喜好在低溫潮濕的環境中生長。它對大曲中其它有益菌有極大的抑制力。
2.5 紅曲菌屬
生長溫度為26℃—40℃，最適溫度為32℃—35℃，pH為3.5—5.0。生長溫度范圍大，偏酸性。利用糖、酸為碳源。
2.6 霉菌的作用
霉菌生長代謝能產生多種酶。大曲酒釀造主要利用其代謝產生的液化型、糖化型淀粉酶，作為生產發酵中的糖化劑。
能代謝產生淀粉酶的霉菌有：根霉、曲霉、毛霉等。其中尤以根霉、曲霉產生的淀粉酶活力最強，以此為主體的大曲糖化、液化力也較強。大曲生長的霉菌種類和數量受培曲溫度的影響。培養溫度高，液化力高，糖化力低；培養溫度低，液化力低，糖化力高。
霉菌，特別是毛霉，還能產生一種活性較強的蛋白質分解酶。此酶能催化原料中的蛋白質分子水解為朊、胨、多肽，最后分解形成氨基酸。
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